«Комиавиатранс» вошел в список 19-ти авиакомпаний, рейсы которых в 2016 году субсидируются из федерального бюджета.
В перечень субсидируемых из федерального бюджета рейсов АО «Комиавиатранс» в 2016 году вошли маршруты: Пермь - Сыктывкар - три рейса в неделю, Самара - Сыктывкар - три рейса в неделю, Казань - Сыктывкар - два рейса в неделю, Екатеринбург - Сыктывкар - три рейса в неделю. Кроме того, компания получит поддержку на организацию перелетов по маршрутам Санкт-Петербург - Калуга - два раза в неделю, Калуга - Анапа, Калуга - Сочи и Калуга - Минеральные Воды - по одному разу в неделю.
Направление Сыктывкар - Архангельск софинансируется одновременно из региональных бюджетов Республики Коми и Архангельской области. Рейс выполняется три раза в неделю. Направление Сыктывкар - Нарьян-Мар и Нарьян-Мар - Киров также софинансируется Правительством Ненецкого автономного округа. Самолет по этим направлениям летает раз в неделю.
По информации Министерства промышленности, транспорта и энергетики Республики Коми, предполагалось субсидирование ещё двух маршрутов по направлениям: Калининград - Самара, Калининград - Нижний Новгород, но из-за отказа Калининграда от софинансирования этих авиаперевозок, «Комиавиатранс» был вынужден исключить эти маршруты из планов.